Todos los modelos de Enterprise Architect se almacenan en las bases de datos – aún el archivo .EAP es una base de datos. En resumen, (en términos del control de versiones) el modelo es una sola entidad de datos binarios. No es práctico aplicar el control de versiones a la base de datos como un todo. Si son datos binarios, este requerirá el uso del modelo bloquear-modificar-desbloquear del control de versiones, el cual significaría que sólo un usuario a la vez podría trabajar en cualquier modelo dado (que posea el control de versiones).

Para superar esta limitación, Enterprise Architect exporta unidades discretas del modelo – los paquetes – como los archivos del paquete XMI, y son estos archivos XMI, no los archivos .EAP, los que se ubican bajo el control de versiones. El formato del archivo XMI usado por Enterprise Architect dicta que estos también deben ser tratados como archivos binarios (de esta manera tampoco es posible combinar los archivos XMI); Sin embargo, dividiendo el modelo en partes más pequeñas, este método permite que muchos usuarios trabajen en partes separadas del modelo simultáneamente.

Cuando un usuario habilita un paquete, Enterprise Architect envía un comando al sistema del control de versiones para habilitar el archivo XMI equivalente. De esta manera el sistema del control de versiones pone la última revisión del archivo en el directorio de la copia de trabajo del usuario, sobre-escribiendo cualquier revisión previa del archivo en ese directorio. Por consiguiente, Enterprise Architect importa el archivo del paquete en el modelo, actualizando el contenido del paquete existente en el modelo.

Cuando se deshabilita, Enterprise Architect exporta el paquete como un archivo XMI, sobre-escribiendo la copia de trabajo local existente del archivo. El nuevo archivo luego se deshabilita para el sistema del control de versiones.

Paquetes del control de versiones anidados

Los paquetes del control de versiones anidados resultan en archivos XMI más pequeños, ya que los archivos XMI de los paquetes padres no contienen ningún contenido para los paquetes hijos del control de versiones.

Usando los paquetes del control de versiones junto con una estructura del modelo que tengan paquetes individuales pequeños también provee un mayor alcance para que  usuarios múltiples trabajen concurrentemente, ya que los usuarios individuales están bloqueando partes más pequeñas del modelo.