Un proyecto de Enterprise Architect es un mecanismo para almacenar y administrar los componentes de uno o más modelos UML.

Un proyecto puede ser un archivo .EAP en una base de datos MS Access  o (en la edición Corporativa de Enterprise Architect) una estructura de archivos en un sistema de administración de base de datos tales como MySQL u Oracle.

Un proyecto puede contener un solo modelo, o un número de modelos, cada uno de los cuales define un aspecto particular del sistema o proceso. Usted puede crear el modelo de una plantilla específicamente estructurada para soportar los aspectos que el modelo representa, tal como un proceso de negocio, requisitos o despliegue.

Un modelo contiene los diagramas, elementos, relaciones y meta-información asociada que define la estructura y función de un sistema o proceso. Estos componentes están organizados en una jerarquía de paquetes, que ayuda a agrupar y administrar los componentes relacionados.

Los paquetes de más alto nivel en un modelo son las Vistas, que representan particiones del modelo que usted mismo define. Usted puede comenzar con una vista estándar como Clase o Componente, o crear cualquier partición que sea apropiada para su modelo.

Entonces un proyecto típico podría tener una estructura parecida a la siguiente:

El proyecto Proyecto contiene dos modelos:

Cada modelo contiene Vistas. El Modelo de Requisitos contiene:

Cada Vista contiene paquetes. La Vista de Casos de Uso contiene:

Cada paquete contiene uno o más diagramas, uno o más paquetes, y varios elementos. El Paquete Use Case contiene:

Cada paquete subordinado también contiene diagramas, elementos y (si es necesario) inclusive más paquetes. Los elementos están relacionados por conectores creados en los diagramas, y cada elemento y conectar tiene propiedades, atributos, operaciones y extensiones definidas en las respectivas ventanas de Propiedades.